이 노선을 지나는 등급으로는 특급 시오카제 및 난푸, 우즈시오 등이 있으며 선라이즈 세토가 다닌다. 쾌속 열차로는 마린 라이너가 있으며 1시간에 2편성 다닌다. 보통 열차는 세토 대교를 건너지 않고 오카야마-코지마 사이만 운행한다.
이 노선은 우타즈역에서 종착하나, 우타즈역 진입 직전에 요산선사카이데역 방면으로 분기하는 삼각선이 있어서 타카마츠역 방향으로 가는 열차 대다수가 이용한다. 이 열차 중에는 마린 라이너도 있어서, 혼시비산선 열차는 우타즈역 방면으로 가는 본선보다 사카이데역 방면으로 가는 삼각선을 이용하는 열차가 더 많다.
JR 시코쿠의 유일한 흑자 노선으로, 2013년 영업계수는 96.3(100엔 버는 데 96.3엔 지출)이다. 이 노선은 혼슈와 시코쿠를 철도로 이어주는 관문으로 역할하는데, 오카야마에서 출발해 시코쿠 각지로 가는 특급열차는 이 대교로 갈 수밖에 없고, 카가와현과 오카야마현은 세토대교가 있어서 하나의 생활권으로 교류가 많은 편이기 때문에 아카시 해협 대교를 지나는 고속버스와 경쟁해야하긴 해도 흑자를 잘 내는 편이다. 이러한 이유로 JR 시코쿠 홍보 영상에 세토대교를 내세우는 경우가 많다.
혼시비산선은 고속도로 사업인 세토 대교의 부속 사업으로써 전 구간을 일본 고속도로 보유·채무 상환기구가 소유하고 있다.[1]
다만 일본국 철도사업법 59조 규정 "법의 규정은 독립행정법인 철도 건설 · 운수 시설 정비 지원기구 및 독립행정법인 일본 고속도로 보유·채무 상환기구가 담당하는 제3종 철도사업에 해당하는 업무에 대해서는 적용하지 아니한다. 해당 기구에서 소유하는 철도노선을 직접 이용하여 여객 또는 화물 운송을 실시하는 사업자에게 해당 사업을 제1종 철도사업으로 간주하여 법을 적용한다"에 따라 실제로는 JR 서일본과 JR 시코쿠가 해당 구간을 제1종으로 관리하게 된다.
이로 인해 JR 서일본과 JR 시코쿠는 이 구간에 대한 선로사용료를 일본 고속도로 보유·채무 상환기구에 납부하고 있으며, JR 시코쿠가 운영하는 세토 대교 구간(코지마-우타즈)에는 기존 운임 외에 110엔의 가산운임이 설정되어 있다.
[1] 다만 일본국 철도사업법 59조 규정 "법의 규정은 독립행정법인 철도 건설 · 운수 시설 정비 지원기구 및 독립행정법인 일본 고속도로 보유·채무 상환기구가 담당하는 제3종 철도사업에 해당하는 업무에 대해서는 적용하지 아니한다. 해당 기구에서 소유하는 철도노선을 직접 이용하여 여객 또는 화물 운송을 실시하는 사업자에게 해당 사업을 제1종 철도사업으로 간주하여 법을 적용한다"에 따라 실제로는 JR 서일본과 JR 시코쿠가 해당 구간을 제1종으로 관리하게 된다.